Lightrun
question-mark
Stuck on an issue?

Lightrun Answers was designed to reduce the constant googling that comes with debugging 3rd party libraries. It collects links to all the places you might be looking at while hunting down a tough bug.

And, if you’re still stuck at the end, we’re happy to hop on a call to see how we can help out.

first_derivative returns NaN for all grids

See original GitHub issue

What went wrong?

I created a DataArray with dimension name of ‘latitude’ and ‘longitude’ as：

import numpy as np
from metpy.calc import first_derivative

data = np.ones((16,36))
var = xr.DataArray(data,dims=['latitude','longitude'], 
                   coords={'latitude': range(16),
                           'longitude': range(36)})

and then using first_derivative to get derivative along ‘latitude’

first_derivative(var,axis='latitude')

however, it returns a DataArray with NaN for all grids

first_derivative(var,axis='latitude')
Out[112]: 
<xarray.DataArray (latitude: 16, longitude: 36)>
<Quantity([[nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]], '1 / meter')>
Coordinates:
  * latitude   (latitude) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
  * longitude  (longitude) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 ... 28 29 30 31 32 33 34 35

if i replace dimension name ‘latitude’ with other str, such as ‘d’。 first_derivative can return reasonable values

# replace dimension name 'latitude' with 'd'
var2 = xr.DataArray(data,dims=['d','longitude'], 
                   coords={'d': range(16),
                           'longitude': range(36)})
first_derivative(var2,axis='d')

Out[111]: 
<xarray.DataArray (d: 16, longitude: 36)>
<Quantity([[0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]
 [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.]], 'dimensionless')>
Coordinates:
  * d          (d) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
  * longitude  (longitude) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 ... 28 29 30 31 32 33 34 35

Is it a Bug associated with geographical coordinates? By the way, if i read a data from NCEP or EC. The first_derivative can also return reasonabe values with first_derivative(var,axis='latitude') or first_derivative(var,axis='lat')

Is that a problem about how I create the DataArray?

Operating System

Windows

Version

1.3.1

Python Version

python 3.9

Code to Reproduce

import numpy as np
from metpy.calc import first_derivative
data = np.ones((16,36))
var = xr.DataArray(data,dims=['latitude','longitude'], 
                   coords={'latitude': range(16),
                           'longitude': range(36)})
first_derivative(var,axis='latitude')

# replace dimension name 'latitude' with 'd'
var2 = xr.DataArray(data,dims=['d','longitude'], 
                   coords={'d': range(16),
                           'longitude': range(36)})
first_derivative(var2,axis='d')

Errors, Traceback, and Logs

import numpy as np
from metpy.calc import first_derivative
d = np.ones((16,36))
var = xr.DataArray(d,dims=['latitude','longitude'], 
                   coords={'latitude': range(16),
                           'longitude': range(36)})
first_derivative(var,axis='latitude')
Out[109]: 
<xarray.DataArray (latitude: 16, longitude: 36)>
<Quantity([[nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]
 [nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
  nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan]], '1 / meter')>
Coordinates:
  * latitude   (latitude) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
  * longitude  (longitude) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 ... 28 29 30 31 32 33 34 35

Issue Analytics

  • State:closed
  • Created a year ago
  • Comments:5 (1 by maintainers)

github_iconTop GitHub Comments

1reaction
jthielencommented, Oct 10, 2022

Can we close this as a duplicate of https://github.com/Unidata/MetPy/issues/2028?

0reactions
kgoebbercommented, Oct 10, 2022

@jthielen great catch…should’ve looked at the other open issues!

Read more comments on GitHub >

github_iconTop Results From Across the Web

gradient function that treats nan values like edges
So here a piece of code that computes the second order gradient within the object (in the interior) but compute the first order...
Read more >
GRDTRACK - SOEST Hawaii
If an interpolation point is not on a node of the input grid, then a NaN at any node in the neighborhood surrounding...
Read more >
grdtrack(1) - Linux man page - Die.net
[Default uses "natural" conditions (second partial derivative normal to edge is zero) unless the grid is automatically recognised as periodic.] -Q: Quick mode, ......
Read more >
GRDTRACK - Geophysics at Georgia Tech
This is an ASCII [or binary, see −b] file where the first 2 columns hold the (x,y) ... returns data at all points,...
Read more >
ODE solver fails with ForwardDiff, but works with central ...
The way my function is defined seems to make ForwardDiff.derivative() produce NaN at t=0.0 - need to go back to the whiteboard there...
Read more >

github_iconTop Related Medium Post

No results found

github_iconTop Related StackOverflow Question

No results found

github_iconTroubleshoot Live Code

Lightrun enables developers to add logs, metrics and snapshots to live code - no restarts or redeploys required.
Start Free

github_iconTop Related Reddit Thread

No results found

github_iconTop Related Hackernoon Post

No results found

github_iconTop Related Tweet

No results found

github_iconTop Related Dev.to Post

No results found

github_iconTop Related Hashnode Post

No results found
Previous page

grid_deltas_from_dataarray() returns all nans

Next page

Metpy.calc does not recognize pint-xarray units